QPCR数据快速分析和绘图 -- by shiny

• 生物实验的前期基因表达预实验和后期实验的验证都需要用到RT-QPCR来进行相对定量检测，对于少量的基因和样本qpcr数据在excel表里简单处理即可。
• 若检测基因数量多，样本量大，甚至需要一个至多个96/384孔板才能跑完，对于跑完的巨大数据的分析在excel里无疑十个头疼和痛苦的过程！

• 1、有没有快速计算出表达量——绘图——统计分析的神器？
• 2、最好是直接从原始数据就可以直接分析？
• 3、统计结果，分析结果，绘图结果都能下载？
• 有吗？有！

QCPR基因表达量计算公式

• 相对定量

QCPR数据分析的R包

• HTqPCR, ddCt 和 qpcrNorm等，不过他们需要特定的仪器产生的数据输入，数据读入较麻烦，小伙伴们也可以去尝试一下

BiocManager::install("HTqPCR")
BiocManager::install("ddCt")
BiocManager::install("qpcrNorm")

QPCR-explorer

在zhoulab实验室的同学们不断使用和提出新的修改建议后，终于更新到version 3.1 版本了

软件在线网址在文章最后

使用示例和介绍

• 首页基本介绍

• 第二面板上传原始数据

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• 左边上传原始数据（txt/csv格式），右边可探索示例数据，看看原始数据样子

接下来我们使用example1示例数据来分析

• 选择要分析的样本名和基因名，这里全选

然后来到QPCR Analysis面板的table面板

• 在左侧面板设置好内参基因、对照组、复孔数量和检测基因数量后，table面板的4个table内容就都会出现

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• 1、第一个table是待分析的三列必要数据
• 2、第二个分析好的的目的基因减去内参基因的dt值（最后一列），表格可以下载
• 3、第三个table是挑选出来的对照组的数据
• 4、第四个table是挑选出来的处理组的数据

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tips：如果左侧面板的Control in Group？选项为TRUE，那么对照组的数据也会在第四个table里，如果绘图需要把对照组也画进来，就选择 TRUE

接下来点开Results tables面板

• 第一个table的第三列FC就是已经计算好的相对于对照的相对表达量值，表格可直接下载，我们可以拿这个数据进入graphpad里绘图了！

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• 下面一个表格是对每个基因两个复孔的统计指标：数量，FC均值，标准差，标准误和置信区间

接下来点开stastical Analysis面板

两组之间的T test检验

• 黄色和绿色板块可以进行两组或多组统计检验（T test、单因素Anova）
• 首先，选择需要与对照组比较分析的基因名和样本名
• 然后，绿色板块左侧就会展现两组之间比较的数据，点击submit
• 绿色板块右侧展示统计结果，p值，每组的均值和置信区间

多组之间的Anova检验——两两比较

• 选择需要分析的基因名
• Test choose 选择为anova
• 绿色板块就会展现该基因的所有样本，然后submit
• 绿色板块右侧展示两两样本之间的比较结果

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p值矫正方法默认是TukeyHSD，还可以选择pairwise.t.test，然后选择具体的矫正方法

重点！所有处理组与对照组之间所有基因做T test

来到粉色第三个板块，直接点击submit就可出结果，可下载

第一列是基因名，group1是我们的对照组，group2是我们的比较组，我们直接看p值那一列和p.signif就行了，因为是T test，所以不需要矫正p值

最后我们点击打开plot面板进行绘图

• 默认画一个

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细节调整之坐标轴调整

主题字体大小、Y轴标签大小、Y轴范围、刻度、XY轴样式、Y轴标签、绘图标题等等都可调整

这样是不是好看一些了

细节调整之颜色调整

支持颜色盘19种颜色和自定义颜色

细节调整之分面、改变基因和样本顺序

支持对基因或样本分面画图，支持对基因和样本改变排列顺序

按基因和样本进行分面展示

对基因和样本改变排序，基因和样本顺序同时也能改变

• 改变基因顺序
• 改变样本顺序

细节调整之errorbar显示、X轴标签旋转角度、图例大小等

支持对X轴标签角度、errorbar显示、柱子边框颜色、粗细、图例大小设置

细节调整之柱子宽度、errorbar宽度和粗细、图例位置等

支持对柱子宽度、errorbar粗细和宽度、图例位置自定义

细节调整之Y轴截断

支持对Y轴多段截断、Y轴截断后刻度、截断图形相对高度设置

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在这我们可以下载pdf绘图结果，可设置下载的长度和宽度

合并生物学重复分析

如果我们的样本有生物学重复，假如每个基因测两个复孔，那么该基因是有四个值的，可以对生物学重复的样本名进行重命名再进行合并分析

点开Results tables面板